BigStitcher: Imagen 3D de tejidos de precisión simplificada

Investigadores crearon un nuevo programa de software para facilitar el análisis biológico.

Procesa grandes conjuntos de datos automáticamente y permite visualización interactiva, alineación rápida y precisa, y fusión en tiempo real.

¿Qué hace?

Con BigStitcher, los científicos obtienen una visión general: pueden hacer zoom en una posición específica para analizar estructuras individuales a la resolución deseada.

Más específicamente, el software permite visualización interactiva, alineación rápida y precisa, fusión en tiempo real, deconvolución y estimación de calidad resuelta espacialmente de conjuntos de datos multitesela y multivista. Puede duplicar el tamaño de especímenes compensando efectos ópticos y mejorando precisión.

Reconstruir tales grandes conjuntos de datos con precisión requiere compensar varios tipos de imágenes y transformación de intensidad introducidos por el proceso de adquisición. Por ello, el equipo construyó un proceso interactivo paso a paso que compensa todas las transformaciones relevantes mientras proporciona retroalimentación localizada espacialmente sobre calidad de datos adquiridos.

Referencia: Nature Methods | DOI:10.1038/s41592-019-0501-0 | MDC

Hay una función de zoom que permite a biólogos ampliar y visualizar detalles diminutos en alta resolución. Esto podría ayudar a responder preguntas como:

• ¿Dónde exactamente en el cerebro ocurre división celular?
• ¿Dónde terminan ciertas proyecciones neuronales?
• ¿Dónde se expresa el ARN?

El programa procesa datos automáticamente: gestiona eficientemente imágenes grandes, conjuntos de datos dispersos, estimación de calidad y fusión interactiva.

Dos secciones transversales virtuales en ángulo recto a través del sistema nervioso de una larva de mosca de la fruta

BigStitcher supera software existente en rendimiento, funcionalidad e interacción de usuario. Tarda solo decenas de minutos en reconstruir automáticamente grandes conjuntos de datos y soporta muestras clarificadas, adquisiciones confocales 2D y 3D convencionales y de campo amplio, así como adquisiciones de light-sheet multivista y multitesela.

Estas características hacen de BigStitcher una herramienta imprescindible para varios laboratorios. Está implementado en ImgLib y distribuido dentro del marco Fiji.

Lo mejor es que no requiere recursos computacionales intensivos. Puedes ejecutarlo en cualquier ordenador estándar y compartir datos fácilmente con tu equipo.

Y como es una herramienta de código abierto, cualquiera puede descargarla gratis. La última versión estable está en GitHub.